Katja Kanowski studierte an der Berliner Kirchenmusikschule Evangelische Kirchenmusik. Nach dem A-Examen trat sie 1994 die A-Stelle an St. Nicolai Eckernförde an, wo sie seitdem für die Chorarbeit und das Künstlerische Orgelspiel zuständig ist. Sie ist Kreiskantorin im Kirchenkreis Rendsburg-Eckernförde und wurde 2005 zur Kirchenmusikdirektorin ernannt.

Neben ihrer kirchenmusikalischen Tätigkeit widmet sie sich intensiv dem Sologesang in dem von ihr mitbegründeten ensembleVOCESberlin, das Konzerte im In- und Ausland gibt.